[日韩] 日本单次签证出来后改期会不会影响回程盖章和签证旅行社？

不建议私自大幅修改行程，因为回来后需要交归国报告书，到时候机票根、当初的行程单、归国报告书对不上，旅行社不退押金是小事（如果有的话），万一给你把三年签证注销了就乐大发了。
再说15天和12、13天有多大区别？三年签都办下来了，后面还不是想去就去么，何必争这两三天的长短。
如果一定要在签证出来后修改行程，建议通过旅行社联系大使馆备案，会要求你补交一点费用。