官方模拟器不完善的缘故。官方PS2模拟器只对部分PS2游戏（主要是PSN商店贩卖的）作了优化调试，其它很多游戏都不能正常玩。侍魂六番胜负我也试过，确实卡成狗。
PS3打侍魂直接上模拟器吧，FBAnext。

FBAnext对CPS2和MVS的支持都接近完美，能完全解决你的需求。

我的就是rebug。我猜模拟PS2这一块，rebug和habib的表现没有任何区别，因为都是调用的官方模拟器的代码。

对了，再提一下，合金弹头合集Metal Slug Complete我也试过，一样拖慢，只有里面的6代正常无拖慢，考虑到6代并不是MVS的基板和驱动，只能初步得出结论：SNK在PS2上出的各种合集里面包含的游戏，凡是NEOGEO的，估计在软破PS3的PS2模拟器上都拖慢卡顿，也就是说SNK给PS2做的官方NEOGEO模拟器代码跟PS2模拟器的官方代码之间很可能不相容。SNK在PS2上出的合集一共有大概12部吧，我猜无一幸免。
好在有街机模拟器。合金弹头1-5代上FBAnext，6代玩PS2版，这样前七作还是可在PS3上全部玩到。

可惜厚机太容易黄灯，不然收第二台PS3还真想收厚机。这世界没有十全十美的事啊。
SONIC兄给的这个兼容性列表还是太粗糙了，我以后开贴逐渐积累一个我的测试列表，给大家一点另类渠道的参考。

另外这个列表列的是PS2 Classic模拟器的兼容性，和软破PS3的基于XMB相关功能（如记忆卡）的PS2模拟器可能还有些微的性能差别。