直接电脑copy旧卡的资料全部到新卡就可以了

不过你说的到底仅仅是SD卡迁移？还是整台3DS数据搬家？

那也很简单，两台机器就位，选择本体设定，其他设定，第3页，最下面，那个就是搬家了。
等待搬完之后，把旧机器的SD卡从旧机器拿下来，插到新机器里，新机器就继承了旧机器的全部。

可以参考这里
http://www.nintendo.co.jp/3ds/support/transfer/index.html

卡里的信息随便拷贝，无所谓的。
重点只是搬家之后，只有新机器才可以识别卡里的信息；而搬家之前，是旧机器可以识别而已。

搬家的过程，SD卡里的数据不会全部去新卡（否则等待时间很长），所以你把卡从旧机器拿下来插到新机器就是。

注意的是，搬家过程需要有网络，因为要登录任天堂服务器作验证。

一般情况下都是保持在最高版本比较好