住在大阪，白天坐车去奈良和神户，很近。京都因为玩的地方多些，可以在京都住几晚，但是楼主的计划和樱花季重叠了，估计京都已经订不到宾馆了。
定宾馆 http://www.japanican.com/cn/  http://hotels.ctrip.com/international/
有马温泉

神户的姬路城的大规模整修应该还没结束。奈良春日大社。京都二条城估计还在整修，清水寺部分整修影响不大，金阁寺银阁寺，锦市场，祇园。大阪天守阁，日本桥，道顿堀，心斋桥，难波一带逛街购物。

大阪的商场主要集中在心斋桥和梅田两大片。
大阪去奈良比京都去奈良近。
机场深夜大巴只有京都站的，没有直接去大津的。

要是我就第一天晚上住大阪，第二天去奈良当天就能来回，晚上回大阪还能去逛逛道顿堀一带。第三天再去京都。你先去京都，再去奈良，最后回大阪是在绕远路。